El problema son los motores LV909. Aunque van bien para hacer maniobras sin atmosfera, a la que entras en la atmosfera, aunque sea una flojita como la de Duna, su empuje es casi nulo, haciendo que quemes todo el combustible por el camino. Prueba con un Rockomax Poodle o el Spark ( para el stage de aterrizaje.
Quizás la nave es muy complicada para una misión en Duna, por ejemplo tantos motores en distribución radial va a disminuir el rendimiento en la atmósfera de Kerbin por el "drag".
En mis misiones para Duna, suelo poner una cápsula para 3 kerbals (la Mk1-2), un depósito de 2.5m mediano y un Poddle. Este conjunto es el que tiene que llegar, lleno, justo antes de entrar en la atmosfera de Duna.
Espero poder ser de ayuda.