Asteroid Surface problem

[Gargamel]

Docked the asteroid grabber module with no problems, luckily with some aerobraking and serendipitous orbital alignments, got the asteroid into Munar orbit.  Added  a station and some docking ports around the asteroid (mainly to give MJ's bounding box the ability to avoid the asteroid itself for docking).   But the modules aren't aligned with the surface correctly.  Some are floating off the surface, while other's are buried deep in the core, which prevents selecting any part inside the asteroid:

 

Any suggestions or solutions?  (Couldn't refine a search enough to answer it)

v 1.3.1, Mod list:

"

Spoiler

name": "BDArmoryContinued"
        },
        {
            "name": "CactEyeCommunity"
        },
        {
            "name": "ContractConfigurator-FieldResearch"
        },
        {
            "name": "ContractConfigurator-KerbinSpaceStation"
        },
        {
            "name": "ContractConfigurator-Tourism"
        },
        {
            "name": "ContractRewardModifier"
        },
        {
            "name": "DockingPortAlignmentIndicator"
        },
        {
            "name": "EVAParachutes"
        },
        {
            "name": "FinalFrontier"
        },
        {
            "name": "Firespitter"
        },
        {
            "name": "ForScience"
        },
        {
            "name": "HyperEdit"
        },
        {
            "name": "InfernalRobotics"
        },
        {
            "name": "InterstellarFuelSwitch"
        },
        {
            "name": "KAS"
        },
        {
            "name": "KEI"
        },
        {
            "name": "KerbalAlarmClock"
        },
        {
            "name": "KerbalJointReinforcement"
        },
        {
            "name": "KerbalLaunchFailure"
        },
        {
            "name": "KerbalNRAP"
        },
        {
            "name": "KIS"
        },
        {
            "name": "Konstruction"
        },
        {
            "name": "kOS"
        },
        {
            "name": "kOSforAll"
        },
        {
            "name": "KWRocketryRedux"
        },
        {
            "name": "KWRocketryRedux-InstantPwr"
        },
        {
            "name": "MarkIVSpaceplaneSystem"
        },
        {
            "name": "MechJeb2"
        },
        {
            "name": "MechJebForAll"
        },
        {
            "name": "Mk2Expansion"
        },
        {
            "name": "Mk3Expansion"
        },
        {
            "name": "ModularRocketSystem"
        },
        {
            "name": "NearFutureConstruction"
        },
        {
            "name": "NearFutureElectrical"
        },
        {
            "name": "NearFutureLaunchVehicles"
        },
        {
            "name": "NearFuturePropulsion"
        },
        {
            "name": "NearFutureSolar"
        },
        {
            "name": "NearFutureSpacecraft"
        },
        {
            "name": "OneWindow"
        },
        {
            "name": "QuantumStrutsContinued"
        },
        {
            "name": "SafeChute"
        },
        {
            "name": "ScienceRolesFinalFrontierRibbonPack"
        },
        {
            "name": "Snacks"
        },
        {
            "name": "StageRecovery"
        },
        {
            "name": "StationPartsExpansionRedux"
        },
        {
            "name": "STMsFFRibbonPackEngineeringRoles"
        },
        {
            "name": "STMsFFRibbonPackExpeditionRibbons"
        },
        {
            "name": "STMsFFRibbonPackOperationsRoles"
        },
        {
            "name": "TacFuelBalancer"
        },
        {
            "name": "TakeCommandContinued"
        },
        {
            "name": "ThrottleControlledAvionics"
        },
        {
            "name": "TweakScale"
        },
        {
            "name": "VesselMoverContinued"
        },
        {
            "name": "WaypointManager"
        },
        {
            "name": "ContractsWindowPlus"
        },
        {
            "name": "InfernalRobotics-LegacyParts"
        },
        {
            "name": "PatchManager"
        },
        {
            "name": "HeatControl"
        },
        {
            "name": "CommunityCategoryKit"
        },
        {
            "name": "ModuleManager"
        },
        {
            "name": "JanitorsCloset"
        },
        {
            "name": "KerbalEngineerRedux"
        },
        {
            "name": "CommunityTechTree"
        },
        {
            "name": "PhysicsRangeExtender"
        },
        {
            "name": "ContractConfigurator"
        },
        {
            "name": "FirespitterCore"
        },
        {
            "name": "FirespitterResourcesConfig"
        },
        {
            "name": "CommunityResourcePack"
        },
        {
            "name": "InterstellarFuelSwitch-Core"
        },
        {
            "name": "ToolbarController"
        },
        {
            "name": "USITools"
        },
        {
            "name": "B9PartSwitch"
        },
        {
            "name": "DeployableEngines"
        },
        {
            "name": "NearFutureProps"
        },
        {
            "name": "NearFutureElectrical-Core"
        },
        {
            "name": "DynamicBatteryStorage"
        },
        {
            "name": "NearFutureSolar-Core"
        },
        {
            "name": "AT-Utils"
        },
        {
            "name": "ConfigurableContainers-Core"
        },
        {
            "name": "ProgressParser"
        },
        {
            "name": "ContractParser"
        },
        {
            "name": "TriggerAu-Flags"
        },
        {
            "name": "JX2Antenna"
        },
        {
            "name": "AGExt"
        },
        {
            "name": "ClickThroughBlocker"
        },
        {
            "name": "Toolbar"
        },
        {
            "name": "AtmosphereAutopilot"
        },
        {
            "name": "DangerAlertsContinued"
        },
        {
            "name": "RoverScienceCont"
        },
        {
            "name": "SmartParts"
        },
        {
            "name": "Trajectories"

 

Edited March 15, 2018 by Gargamel

[xerogravity]

It's a known problem - every time you re-visit the asteroid it uses a different random seed to generate the shape, sometimes the peaks become troughs and vice-versa.

Apparently this has been fixed in 1.4.1 and the asteroids are now persistent in shape and size. My 1.3.1 workaround was to always dock on a peak or mid-level section avoiding the troughs. it may not look pretty with items floating off the surface but at least they are still accessible (unlike my harvester that got buried up above the drills, none of which would function so no ore, no fuel, no movement!)